IN-DEPTH

Istraživanje pretećih zoonotskih RNK virusa i bakterija rezistentnih na antibiotike

IN-DEPTH

Istraživanje pretećih zoonotskih RNK virusa i bakterija rezistentnih na antibiotike
bt_bb_section_bottom_section_coverage_image

Oblasti istraživanja

Wuhan, China - East Asia, Corona virus, Pneumonia
Virusi
https://indepth.rs/wp-content/uploads/2021/04/Mycobacterium-320x320.jpeg
Mikobakterije
https://indepth.rs/wp-content/uploads/2021/04/Pseudomonas-320x320.jpeg
Gram-negativne
bakterije

Status projekta

Od početka projektnog perioda (14. jul 2020. godine) sakupljeno je ukupno 190 pulova komaraca, 249 homogenizovanih uzoraka tkiva pacova, 60 uzoraka krvi slepih miševa, 321 karbapenem rezistentan izolat Acinetobacter baumannii (CRAB) i Pseudomonas aeruginosa (CRPA) i 12 multirezistentnih (MDR) izolata Mycobacterium tuberculosis. Takođe, prikupljene su informacije o demografiji životinja i komaraca (vreme i mesto uzorkovanja i taksonomska klasifikacija), kao i demografski, epidemiološki i klinički podaci o pacijentima kojima su dijagnostikovane infekcije uzrokovane sakupljenim karbapenem rezistentnim sojevim CRAB, CRPA i MDR sojevima M. tuberculosis. Svi protokoli za planirane molekularne analize su dizajnirani i optimizovani u skladu sa preporukama proizvođača i principima in-house testiranja.

Svi sakupljeni karbapenem rezistentni sojevi CRAB i CRPA testirani su na prisustvo beta laktamaza klase B i D. Prisustvo blaOXA-23 i blaOXA-24 gena je detektovano u genomima CRAB izolata, a prisustvo blaNDM-1 gena u genomima i CRAB i CRPA sojeva. Svi CRPA izolati kod kojih su detektovane metalo beta laktamaze su tipizirani MLST metodom (eng. multilocus sequence typing; sekvencirani geni acsA, aroE, guaA, mutL, nuoD, ppsA i trpE). Ukupno 30 CRAB izolata je sekvencirano tehnikom sveobuhvatnog sekvenciranja celog genoma na llumina platformi, radi otkrivanja filogenetike i detekcije molekularnih markera rezistencije na različite klase antibiotika.

Ukupno 9 DNK MDR sojeva M. tuberculosis izolovano je sa visokim opsegom kvaliteta (>600 ng/ml) i sekvencirano tehnikom sveobuhvatnog sekvenciranja genoma na Illumina platformi, radi otkrivanja filogenetike i detekcije molekularnih markera rezistencije na antituberkulotike.

DNK sekvence pretećih patogena generisane tokom projektnog perioda se prijavljuju u Genbank NCBI bazu i deponuju u Bazu sekvenci koja je dostupna na sajtu Projekta, zajedno sa sekvencama pretećih patogena iz ranijih istraživanja, uključujući i sekvence SARS-CoV-2 generisane od okviru projekta „Nacionalna studija seroprevalencije i molekularne karakterizacije na SARS-CoV-2 tokom epidemije u populaciji Srbije (EPI-COVID-SRBIJA)“. Ova Baza je prvi digitalni depo podataka o genima i genomima pretećih bakterija i virusa u Srbiji.

Projekat u brojkama

3/5
BROJ OBJAVLJENIH RADOVA
87
BROJ GENERISANIH SEKVENCI
832
BROJ OBRAĐENIH UZORAKA
22/24
TRAJANJE PROJEKTA

Aktivnosti na projektu

Filogenetske, filodinamičke i filogeografske analize