O IN-DEPTH
Projekat „Evolutivni uvid u molekularni diverzitet pretećih patogena u Srbiji putem filogenetskog pristupa“ (akronim IN-DEPTH) je finansiran od strane Fonda za nauku Republike Srbije u okviru Programa za izvrsne projekte mladih istraživača (PROMIS).
O IN-DEPTH
Projekat „Evolutivni uvid u molekularni diverzitet pretećih patogena u Srbiji putem filogenetskog pristupa“ (akronim IN-DEPTH) je finansiran od strane Fonda za nauku Republike Srbije u okviru Programa za izvrsne projekte mladih istraživača (PROMIS).
MOTIVEpidemije bolesti izazvanih pretećim patogenima
Uprkos kontinuiranim naporima usmerenim na unapređenje zdravstvenog nadzora na globalnom nivou, epidemije bolesti izazvanih pretećim patogenima i dalje su jedan od vodećih javno-zdravstvenih problema. Izmene u genomima patogena, poput mutacija, rekombinacija i resortiranja, zajedno sa uticajem faktora okoline, podstiču prelazak patogena na nove domaćine i omogućavaju im da se adaptiraju na život u novim domaćinima i u novim staništima, odnosno evolutivno prilagode novim okolnostima. Među brojnim patogenima koji se danas smatraju pretećim za čoveka, brzoevoluirajući zoonotski RNK virusi i multirezistentne (MDR) bakterije jasno se izdvajaju po izuzetnoj virulenciji, ograničenim terapijskim mogućnostima, povećanom riziku za prenošenje i sveukupnom uticaju na javno zdravlje. Upravo ova činjenica motivisala je šest mladih istraživača da svoj rad fokusiraju na istraživanje hanta-, paramikso- i flavivirusa (virus Zapadnog Nila i Usutu virus), karbapenem rezistentnih sojeva Acinetobacter baumannii (CRAb) i Pseudomoas aeruginosa (CRPA) i MDR sojeva Mycobacterium tuberculosis, kao pretećih patogena o čijoj se molekularnoj raznovrsnosti, distribuciji, potencijalu za daljim širenjem i evoluciji u Srbiji veoma malo zna. Ciljevi projekta IN-DEPTH su sledeći:
Filogenetska karakterizacija hantavirusa, paramiksovirusa, flavivirusa, CRAb, CRPA i MDR sojeva M. tuberculosis koji cirkulišu na području Srbije
Utvrđivanje puteva transmisije navedenih pretećih patogena, njihove prostorno-vremenske distribucije, istorije epidemija i potencijala za daljim širenjem
Utvrđivanje povezanosti evolutivnih karakteristika odabranih pretećih patogena i epidemioloških, kliničkih faktora i faktora okruženja
Formiranje nacionalne baze sekvenci pretećih patogena sa otvorenim pristupom
O CILJEVIMAFormiranje nacionalne baze genskih i genomskih sekvenci patogena
Ciljevi projekta IN-DEPTH realizuju se primenom visokodiskriminatornih molekularnih tehnika za sekvenciranje gena (Sanger sekvenciranje) i celih genoma (eng. Whole Genome Sequencing, WGS) patogena i savremenih bioinformatičkih softvera za filogenetske, filodinamičke i filogeografske analize generisanih sekvenci, koje se danas smatraju najpouzdanijom metodologijom za predikciju, pravovremenu detekciju i odabir efikasnih epidemioloških mera za prevenciju budućih epidemija infektivnih bolesti. U skladu sa tim, osnovna ambicija članova projektnog tima je da rezultatima ovog istraživanja motivišu autoritete iz oblasti javnog zdravlja da razmotre uvođenje molekularno-bioinformatičkog pristupa u programe kontrole i nadzora nad infektivnim bolestima koje izazivaju brzoevoluirajući zoonotski RNK virusi i MDR bakterije. Ovakav analitički pristup omogućiće uvid u najznačajnije procese evolucije patogena i praćenje njihovih populacija na molekularnom nivou, zahvaljujući čemu ćemo saznati razloge njihove pojave i održavanja u Srbiji i ovom delu Evrope. Osim toga, bićemo u mogućnosti da otkrijemo obim uticaja promena životne okoline na evolutivnu adaptaciju zoonotskih RNK virusa i projektujemo buduće obrasce njihovog biodiverziteta kao odgovor na te promene, razloge visoke učestalosti multirezistentnih bakterija u bolničkim okruženjima i njihove ekstenzivne bolničke transmisije i, konačno, definišemo relevantne epidemiološke mere u cilju zaustavljanja njihovog daljeg širenja. Formiranje nacionalne baze genskih i genomskih sekvenci patogena poslužiće kao osnova za uspostavljanje saradnje sa drugim lokalnim i internacionalnim istraživačkim institucijama, što će omogućiti otkrivanje evolutivnih odnosa pretećih patogena u Srbiji i ostalim delovima regiona i sveta.
